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AGAP / Workflows / RNA_seq
GNU Affero General Public License v3.0A Snakemake workflow for producing count matrix suitable for differential expression analysis and formatted for DIANE.
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AGAP / Workflows / GenomeAssembly
GNU General Public License v3.0 or laterUpdated -
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AMAP / Vitis
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Documentation pour débuter sur la forge logicielle du Cirad. Elle inclut l'organisation de la forge basée sur des groupes avec référents, les bases de Git et des liens vers les documentations officielles gitlab.com et git-scm.com
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ASTRE / Training materials / modelisation-dynamique-epidemiologie
Creative Commons Attribution 4.0 InternationalModèles mathématiques appliquées à l'épidémiologie https://astre.gitlab.cirad.fr/training/modelisation-dynamique-epidemiologie
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AGAP / Workflows / Funcannotate
GNU Affero General Public License v3.0A snakemake workflow for functional annotationUpdated -
AGAP / GIV / GPGxE
Apache License 2.0Updated -
NOISYmputer / NOISYmputerStandAlone
GNU Affero General Public License v3.0Updated -
AGAP / Workflows / BS-Seq
MIT LicenseUpdated -
AGAP / Workflows / Gene Family
MIT LicenseA snakemake workflow for phylogenetic analysis of protein families
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Forêts et Sociétés / Projets / FLCD
Creative Commons Attribution 4.0 InternationalPackage R / Fusion-Lasso Change Detection method
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AGAP / Workflows / GATK
CeCILL-C Free Software License AgreementA snakemake workflow for SNP Calling using GATK4
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AGAP / Workflows / CutAndTag
MIT LicenseUpdated -
Description of the presentation topic. Include a link to the URL where the slides are published, like so. https://astre.gitlab.cirad.fr/templates/slides-quarto/
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